Internamente hacen sus cálculos y suben el precio de forma que compensen los gastos.
Así de simple.
Los comercios, empresas y demás tienen todos sus costes calculados para luego repercutírselos a sus clientes. Y las comisiones que les cobran los bancos por supuesto también están incluidas.
Es lo mismo que aquellos comercios que mueven mucho dinero en efectivo: hay que contratar a servicios de seguridad que vengan con el furgón y se lleven el efectivo al banco: ése es otro coste que también se repercute al cliente, lógicamente.
Pero es un simple coste más: cuando pagas un artículo, también estás pagando parte de la nómina del trabajador que te lo vende, parte de la electricidad que gasta la tienda, parte de los impuestos que el Estado le cobra, parte de... TODO.
Saludos de un Luis, desde Zaragoza.