Al restaurar con windows no me mantiene las fotos ni aplicaciones

Buenas pues me ha pasado esto varias veces ya , no se si hago algo mal pero al actualizar desde itunes no me conserva nada aunque restaure de copia de seguridad solo los numeros y la configuracion , no me mantiene nada. Total tengo 4000 fotos y jailbreak muchisima mierda , el movil me va petadisimo y ahora que ha salido la 6.3 pues quiero actualizar. Qué puedo hacer para que esto no me suceda?
Un saludo y mil gracias!